Дело в том, что вопрос о применении ККТ в данном случае решается в общем порядке, без оглядки на спецрежим.
Если организация осуществляет безналичные расчеты с самозанятым, ее обязанность применять ККТ зависит от того, зарегистрирован ли плательщик НПД как индивидуальный предприниматель:
— если не зарегистрирован, кассу нужно применять в общем порядке;
— если зарегистрирован, ККТ не требуется.
Этот вывод ФНС следует из положений Закона о ККТ. По ним не нужно применять кассу при расчетах между организациями или ИП с использованием электронного средства платежа без его предъявления.
Полагаем, в разъяснении речь идет о ситуации, когда самозанятый приобретает у организации товары, работы или услуги. Если продавцом или исполнителем выступает плательщик НПД, вопрос применения ККТ не возникает: приложение «Мой налог» автоматически формирует чек, который нужен организации для учета расходов.
Документы:
Письмо ФНС России от 20.07.2020 N АБ-3-20/5322@